انجام تحقیقات کاربردی در جهت استفاده از نتایج پژوهش ها در مسیر ارتقای کیفیت بهداشتی محصولات غذایی تولیدی در واحدهای صنعتی و محصولات غذایی از اهمیت بسیاری برخوردار است. لذا موضوعات و عناوین این پژوهش های کاربردی و مسئله محور، لزوما بر اساس نیازسنجی های اعلام شده توسط واحدها و کارخانجات غذایی انتخاب و سپس توسط محققان مرکز تحقیقات سلامت و ایمنی غذای دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی یزد اجرا می شود. نهایتا نتایج تحقیقات در اختیار صاحبان صنایع قرار داده می شود.
۱- فرمولاسیون مواد غذایی برای گروه های با بیماری خاص (مبتلا به سیلیاک، دیابت، فشار خون و …)
۲- انجام مطالعات حیوانی و پژوهش در زمینه خطر آلاینده های غذایی و ترکیبات مضر ایجاد شده طی فرآوری مواد غذایی
۳- انجام طرح های تحقیقاتی مشترک با صنایع غذایی
۴- انجام تحقیقات در خصوص فرآورده های غذائی جدید
۵- مطالعه در خصوص غنی سازی مواد غذائی
۶- پژوهش در زمینه نقش فرمولاسیون و فرآوری در ارتقای ایمنی غذا